Organisasi dan Tata Kerja UIN Suska Riau berdasarkan kepada PMA NO 45 TAHUN 2017 Sebelumnya peraturan ini telah mengalami beberapa kali perubahan semenjak peralihan status pendidikan dari Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Sulthan Syarif Qasim Pekanbaru menjadi UIN Sultan Syarif Kasim Riau yang secara resmi dikukuhkan berdasarkan Perpres02th2005 perubahan iain ke uin tanggal 4 Januari 2005 tentang Perubahan IAIN Sulthan Syarif Qasim Pekanbaru menjadi UIN Sultan Syarif Kasim Riau yang diresmikan pada 9 Februari 2005 oleh Presiden RI, Bapak Dr. H. Susilo Bambang Yudhoyono sebagai tindak lanjut perubahan status I AIN Susqa menjadi UIN suska Riau pada tahun 2005. Pada tahun pertama berubah status menjadi UIN Suska Riau, Menteri Agama RI menetapkan Organisasi dan Tata kerja UIN Suska Riau berdasarkan Peraturan Menteri Agama RI Nomor 8 Tahun 2005 tanggal 4 April 2005. peraturan ini kemudian mengalami perubahan pada tahun 2006 melalui peraturan menteri agama Nomor 56 tahun 2006 yang selanjutnya Organisasi dan Tata Kerja UIN Suska Riau mengalami perubahan kembali pada tahun 2013 yakni berdasarkan pma no 9 tahun 2013 tata kerja uIN dan pada tahun 2017 mengalami perubahan kembali berdasarkan PMA NO 45 TAHUN 2017